كشفت التحريات والتحقيقات أن المتهمين يعتنقون الأفكار التكفيرية القائمة على تكفير الحاكم وأفراد القوات المسلحة والشرطة، واستباحة دمائهم ودماء المواطنين المسيحيين واستهداف دور عبادتهم واستحلال أموالهم وممتلكاتهم.

أسندت نيابة أمن الدولة العليا إلى المتهمين عددا من الاتهامات في مقدمتها الانضمام إلى جماعة أسست على خلاف أحكام القانون، الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين، ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها، والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، بأن انضموا لجماعة تدعو إلى تكفير الحاكم وشرعية الخروج عليه والاعتداء على أفراد القوات المسلحة والشرطة ومنشآتهما، واستباحة دماء المواطنين المسيحيين ودور عباداتهم واستحلال أموالهم وممتلكاتهم، واستهداف المنشآت العامة بغرض إسقاط الدولة والإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع وأمنه للخطر، وكان الإرهاب من الوسائل التي تستخدمها هذه الجماعة في تنفيذ أغراضها مع علمهم بذلك.

كما تضمنت الاتهامات المسندة إلى المتهمين حيازتهم لمفرقعات، والاشتراك في واقعة استهداف الكنيسة البطرسية، والاشتراك بطريق الاتفاق والتحريض والمساعدة في ارتكاب جرائم القتل العمد والشروع فيه التي وقعت جراء تفجير إحدى دور العبادة "الكنيسة البطرسية" وكذا تخريب الكنيسة البطرسية وإتلاف محتوياتها.

وأمرت نيابة أمن الدولة العليا بضبط وإحضار عدد آخر من المتهمين الذين كشفت التحقيقات والتحريات اشتراكهم في ارتكاب الجرائم موضوع الاتهام، وتضمنت أوراق القضية قيام بعض المتهمين بالسفر إلى شمال سيناء والانضمام إلى الجماعات التكفيرية بها وفي المقدمة منها تنظيم أنصار بيت المقدس، وتلقي تدريبات بدنية وعسكرية وكذا تدريبات على كيفية إعداد وتصنيع العبوات الناسفة بأنواعها.وعقدهم لقاءات تنظيمية لتدارس الأفكار التكفيرية وتثبيت وترسيخ مفاهيم الجماعات التكفيرية والجهادية لديهم، خاصة الأفكار المعادية للمواطنين المسيحيين وعمليات استهدافهم.

كما تسلمت نيابة أمن الدولة العليا من نيابة غرب القاهرة الكلية، ملف سؤال المصابين.